Theo lệnh của vua Frederick I của Phổ ngày 14.11.1709, bệnh viện này được khởi sự thành lập năm 1710 ở khu tường thành phía bắc thành phố Berlin nhằm đón trước trận bùng nổ bệnh dịch hạch đã làm giảm số dân của Đông Phổ. Sau khi trận dịch nói trên không đụng tới thành phố, thì bệnh viện được sử dụng như một bệnh viện từ thiện dành cho các người nghèo. Ngày 9.1.1727 Frederick William I của Phổ đặt tên bệnh viện là Charité, tức là "lòng từ thiện".[2] Việc xây dựng một anatomical theatre[3] năm 1713 đánh dấu sự khởi đầu của trường Y học, thời đó do collegium medico-chirurgicum của Viện Hàn lâm Khoa học Phổ (Preußische Akademie der Wissenschaften) giám sát. Năm 1795 thiết lập trường Pépinière (trường bồi dưỡng) để đào tạo các "y tá quân đội".

Sau khi Đại học Berlin (nay là Đại học Humboldt Berlin) được thành lập năm 1810, thì khoa trưởng trường Y học Christoph Wilhelm Hufeland sáp nhập Charité dùng làm bệnh viện dạy học năm 1828. Rudolf Virchow - từng là sinh viên trường Pépinière - làm trợ lý giải phẫu cho nhà giải phẫu Robert Froriep ở đây và năm 1856 trở thành giám đốc của viện bệnh lý học mới được thành lập, nơi ông triển khai lý thuyết sinh học tế bào của mình.

Sau khi chia cắt thành phố Berlin năm 1949, Charité ở Mitte nắm giữ bệnh viện chính của Đông Berlin sáp nhập với Đại học Humboldt Berlin, trong khi Đại học Tự do Berlin (Freie Universität Berlin) của Tây Berlin nắm giữ Klinikum Steglitz được dựng lên năm 1968, được sự ủng hộ của Quỹ Benjamin Franklin (Hoa Kỳ) của Eleanor Lansing Dulles. Năm 1986 bệnh viện Rudolf Virchow của thành phố trở thành trường Y học thứ hai của Đại học Tự do Berlin. Sau khi tái thống nhất nước Đức, thành phố Berlin có 3 bệnh viện đại học, cuối cùng tất cả đều hợp nhất thành các cơ sở của Charité vào năm 2003. Việc tổ chức lại vẫn đang tiến hành.